美国佐治乔大学
   荷兰鹿特丹大学
   日本东京大学
   瑞典Upsalla大学
   德国杜塞尔多夫大学
   法国Ifremer海洋研究所
   法国Brest大学
   中国医学科学院北京药物研究所
   中科院上海药物所
   军事医学科学院
   北京大学
   中国预防医学科学院
   中国与德国杜塞尔多夫大学海洋药物生物学研究所就海洋天然药物化学与化学生态学方面，与瑞典Upsalla大学糖生物学研究中心以及法国Ifremer海洋研究所在糖生物学和糖化学研究方面，已建立了固定的合作模式，项目合作互访、互派研究人员，共享经费，仪器设备、信息及资源等形式进行。    如：(1)中德联合项目(2+2项目)在海洋天然产物(特别是海洋微生物代谢产物)、化学生态学等研究领域进行全面合作，即首先在海洋动植物(如无脊椎动物、海藻)和海洋微生物等海洋生物资源中抗癌、抗菌、抗病毒、抗炎、作用于心脑血管、神经退行性病变、糖尿病等活性先导化合物的筛选、分离与鉴定等方面着手，逐步全面拓展合作领域。(2)中法海洋糖化学合作项目，在海洋糖化学结构解析、活性筛选、构效关系研究。(3)中瑞糖化学与糖生物学合作项目，在细胞膜糖链天线、信号转导、糖链与重大疾病发生发展的关系方面开展全方位的合作研究。上述国际合作与交流模式，确保了该实验室在学术交流、信息获取以及在科技攻关等方面与国际同步。